पन्हाळ्यावरून शिवाजी महाराजांची सुटका झाल्यानंतर ते राजगडास आले. त्यांनी असा विचार केला की, दुहेरी आघाड्यांवर संघर्ष करणे कठीण आहे. कारण, प्रतिस्पर्ध्यापेक्षा आपली शक्ती कमी आहे. म्हणून त्यांनी आदिलशाहीशी तह करण्यासाठी हालचाली सुरू केल्या.
आदिलशाही सरदारांना पन्हाळा जिंकून घेता आला नव्हता. त्र्यंबक भास्कर हा मराठा किल्लेदार पन्हाळा झुंजवित होता. त्यास महाराजांनी निरोप धाडला की, सिद्दी जौहरास पन्हाळा देऊन टाका. त्र्यंबक भास्कराने २२ सप्टेंबर, १६६० रोजी जौहरास पन्हाळा दिला. दरम्यानच्या काळात अली आदिलशाहाला समजले की शिवाजी महाराज पन्हाळ्यातून यशस्वीरीत्या निघून गेले आहेत. याकरिता त्याने १७ ऑगस्ट, १६६०ला पन्हाळ्याकरिता विजापूर सोडले. तो वाटेत असतानाच त्यास बातमी मिळाली की जौहराने पन्हाळ्याचा ताबा घेतला आहे. शिवाजी महाराजांनी १५८२ शकाच्या कार्तिक महिन्यात शायस्ताखानाशीही तह करण्याचा प्रयत्न केला, परंतु त्यामध्ये यश आले नाही.
अली आदिलशाह पन्हाळा ताब्यात आल्याने फारसा खूष नव्हता. त्याची अशी समजूत होती की, सिद्दी जौहराने महाराजांकडून पैसे घेऊन त्यांना किल्ल्‍यातून जाऊ दिले आहे. शिवभारत मात्र असे सांगते की, जौहराने पैसे घेतले नव्हते. यावेळी अली आदिलशाह मलनाडावर (इक्केरीचे राज्य) आक्रमण करण्याच्या बेतात होता. तेव्हा त्याच्यासमोर एक नवीन संकट उभे राहिले, ते म्हणजे सिद्दी जौहराने बंड केले. अली आदिलशाहाने मलनाडावर आक्रमण करण्याचा बेत रहित केला आणि २६ जानेवारी, १६६१ या तारखेस तो सिद्दी जौहरावर चालून गेला. मुद्‍गल किल्ल्यापाशी दोघांची लढाई होऊन तीमध्ये जौहराचा पराभव झाला आणि तो कर्नूलास पळून गेला. समकालीन साधने सांगतात की, अली आदिलशाहाने जौहरास विष घातल्यामुळे त्याचा मृत्यू झाला. सिद्दी जौहराचा मुलगा अब्दुल अजीज आणि जावई सिद्दी मसूद या दोहोंना सुलतानाने नोकरीत कायम केले.