प्रागैतिहासिक व जैवविविधतेचा वारसा लाभलेला रत्नदुर्ग किल्ला. याला भगवतीचा किल्ला असेही म्हणतात. किल्ल्याच्या परिसरातील भौगोलिक नवलाई आश्‍चर्यचकित करून टाकणारी आहे. रत्नदुर्ग किल्ल्याची रचना वेगळ्या धाटणीची आहे. रत्नागिरीच्या पश्‍चिमेला अथांग सागरात घुसलेल्या ५० ते ७० मीटर उंचीच्या एका भू शिरावर किल्ला वसला आहे. या किल्ल्याच्या तीन बाजू सागराने वेढलेल्या आहेत. चौथ्या बाजूला खाजणाचा भाग शहराच्या वाढीत बुजवून टाकला गेला आहे. पर्यटन वाढीसाठी विचार सुरू असताना त्याचे वैविध्य टिपणारा लेख.

घोड्याच्या नालेच्या आकारातील रत्नदुर्गच्या वायव्य टोकावर बालेकिल्ला आहे. या भागाला चारही बाजूंनी तटबंदी आहे. या भागात काही जुनी जोती व प्रसिद्ध भगवती मंदिर आहे. किल्याच्या दक्षिण टोकावर सिद्धी बुरुज व दीपगृह आहे. येथून आसमंताचे दर्शन वेडावून टाकते. सिद्धीबुरुज ते किल्ल्याचे ईशान्य टोक या दरम्यान सलग १.२ किमी लांबीची तटबंदी आहे. या तटबंदीवरून रत्नागिरीचे विहंगम दर्शन होते.

तटबंदीच्या मध्यात पूर्वाभिमुख किल्ल्याचे मुख्य प्रवेशद्वार आहे. या महाद्वाराची बांधणी वेगळ्याच प्रकारची आहे. अशा बांधणीचे महाद्वार सहसा कुठल्याही दुर्गावर आढळून येत नाही. सिद्धी बुरुज ते बालेकिल्ला यामधील सुमारे १.५ किमी पश्‍चिमेकडील भाग म्हणजे ५० ते ७० मी. उंचीचा सरळ उभा कडा. काही ठिकाणी हा कडा अंर्तगोल बनला आहे. किल्ल्याच्या पायथ्याला तटबंदी होती. सध्या त्याचे अवशेष अधूनमधून पाहावयास मिळतात.

बहामनी- आदिलशाही-शिवशाही-पेशवाई या प्रदीर्घ कालखंडात या किल्ल्याचे उल्लेख आढळतात. पेशवाईमध्ये तोतया प्रकरणातील तोतयाला येथे अटक केली. तसेच  महाद्वार, सतीच्या घुमटीवरील शरभ, भगवती मंदिर अशा ऐतिहासिक वास्तू पाहण्यासारख्या आहेत. भागेश्वर मंदिर, किल्ल्याच्या पायथ्यालगत सांब मंदिर आहे. महासागरात घुसलेल्या भू शीराने किनाऱ्याचे दोन भाग झालेत. खरी गंमत इथेच आहे. किल्याच्या दक्षिण-पूर्व भागातील किनाऱ्यावर वाळू काळी व उत्तर बाजूकडील वाळू पांढरी आहे. अवघ्या ३०० ते ४०० मीटरच्या फरकात ही नवलाई बघावयास मिळते.

महाद्वाराशेजारील बुरुजावरून एकाच वेळी हे दोन्ही किनारे पाहावयास मिळतात.  बालेकिल्ल्याच्या दक्षिण पायथ्याला समुद्राच्या पातळीत एक भली मोठी नैसर्गिक गुहा आहे. सुमारे ९ मी. उंच व तेवढ्याच रुंदीचे गुहेचे मुख आहे. लाटांचे पाणी वेगाने या गुहेत शिरते ते लांबूनच पाहावे. बालेकिल्याच्या उत्तर अंगाला पायथ्यालगत समुद्र पातळीपासून थोडे वर आणखी एक नैसर्गिक गुहा आहे. १२५ मी. लांबीच्या या गुहेत प्रशिक्षित व्यक्‍तींच्या सहकार्याने थरार अनुभवता येतो. बालेकिल्ल्यात भगवती मंदिराच्या बाजूला एक भुयार मुख असून, याला दुतोंडी भुयार म्हणतात. या गुहेतून खाली उतरल्यावर याला दोन तोंडे फुटतात.