चेन्नई- वीरणम प्रकल्पाकरता निविदांचे वाटप करताना भ्रष्टाचार केल्याचा आरोप त्यांच्यावर सरकारिया आयोगाने करुणांनिधी यांच्यावर ठेवला होता. इंदिरा गांधी यांच्या केंद्रातील सरकारने त्या मुद्दावरून करूणानिधी यांचे सरकार बडतर्फ केले. चेन्नईतील उड्डाणपुलाच्या कामात भ्रष्टाचाराचा आरोप झाल्यानंतर करूणानिधी, माजी मुख्य सचिव के. ए. नांबियार आणि इतरांना अगदी पहाटे अटकही झाली होती. करुणानिधींचे विरोधक सत्तेवर आल्यानंतर त्यांनी केलेली ही कारवाई गाजली होती. करुणानिधी, त्यांचे पुत्र एम. के. स्टॅलिन आणि पक्षकार्यकर्त्यांवर गुन्हेगारी कट रचणे, फसवणूक असे अनेक आरोप ठेवले होते. तथापि, करुणानिधी आणि स्टॅलिन यांच्याविरोधात प्राथमिकदृष्ट्या कोणताही पुरावा सापडला नाही, असे चेन्नईतील मुख्य सत्र न्यायाधिश एस. अशोककुमार यांनी स्पष्ट केले.

एलटीटीईला सहकार्याचा आरोप 
पंतप्रधान राजीव गांधी यांच्या हत्त्येबाबत चौकशी करणाऱ्या न्या. जैन आयोगाने आपल्या अंतरिम अहवालात करूणानिधी यांनी लिबरेशन टायगर्स ऑफ तमिळ ईलमला (एलटीटीई) मदत केल्याचा आरोप ठेवला होता. गांधी यांच्या मारेकऱ्यांना सहकार्य केल्याबद्दल करूणानिधी, त्यांच्या पक्षाला जबाबदार धरावे, असे अंतरिम अहवालात नमूद केले होते; मात्र अंतिम अहवालात असे कोणतेही आरोप नव्हते. एप्रिल 2009 मध्ये करूणानिधींनी "प्रभाकरन (एलटीटीईचा म्होरक्‍या) माझा चांगला मित्र आहे', असा दावा केला होता. 

घराणेशाहीचा आरोप 
नेहरू-गांधी घराण्याप्रमाणे करूणानिधींनी "डीएमके'मध्ये घराणेशाही राबवल्याचा आरोप पक्ष कार्यकर्ते, त्यांचे समर्थक, विरोधक करत असतात. या मुद्दावरून ज्येष्ठ नेते वायको यांनी करूणानिधींवर हल्ला चढवला होता. राजकीय निरीक्षकांच्या मते वायको यांनी स्टॅलिन यांच्या स्थानाला सुरूंग लावण्याची क्षमता निर्माण केल्याने त्यांना पक्ष सोडणे भाग पाडले. 
"डीएमके'मधील अनेक नेते स्टॅलिन यांच्या पक्षातील उत्कर्षाबाबत नेहमीच भुवया उंचावतात. त्यावर टीका करतात. त्याला पक्षातील काहीजण स्टॅलिन यांनी स्वकर्तृत्वाने आपले स्थान निर्माण केल्याचे सांगतात. 1975 मध्ये "मिसा'खाली अटक केलेल्या स्टॅलिन यांना पोलिसांनी एवढी बेदम मारहाण केली होती, ते जायबंदीच झाले होते. त्यांना वाचवण्याकरता आलेल्या कार्यकर्त्याला जीव गमवावा लागला होता, याचीही ते आठवण करून देतात. करूणानिधी मुख्यमंत्री असताना स्टॅलिन 1989 आणि 1996 मध्ये आमदार होते, पण त्यांना मंत्रिमंडळात घेतले गेले नाही. 1996 मध्ये ते थेट जनतेतून निवडून येऊन चेन्नईचे महापौर झाले. स्टॅलिन चौथ्यांदा आमदार झाल्यावर त्यांना करूणानिधींच्या मंत्रिमंडळात मंत्री करण्यात आले.