राज्य सरकार आणि माजी गृहमंत्री अनिल देशमुख यांनी सुप्रीम कोर्टात दाखल केलेली याचिका कोर्टानं फेटाळून लावली. त्यामुळे ठाकरे सरकारला मोठा झटका बसला आहे. हे प्रकरण गंभीर असल्यानं त्याची चौकशी होणं गरजेच आहे अशी टिपण्णीही सुप्रीम कोर्टानं सुनावणी दरम्यान केली. मुंबईचे माजी पोलीस आयुक्त परमबीर सिंग यांनी लावलेल्या खंडणीच्या आरोपांची चौकशी सीबीआयकडे सोपवण्याचा निर्णय मुंबई हायकोर्टानं दिला होता. हायकोर्टाच्या या निर्णयाविरोधात देशमुख यांनी सुप्रीम कोर्टात धाव घेतली होती. 
 

न्यायमूर्ती एस. के. कौल यांच्या अध्यक्षतेखालील खंडपीठाने महाराष्ट्र सरकारच्या आव्हान याचिकेवर सुनावणी घेतली. तसेच यावेळी राज्य सरकारच्यावतीनं ज्येष्ठ विधीज्ञ अभिषेक मनु सिंघवी तर अनिल देशमुख यांच्यावतीनं कपिल सिब्बल यांनी कोर्टात बाजू मांडली. 

सिंघवी म्हणाले, "या याचिकेच्या गुणवत्तेवर युक्तिवाद करण्याची योग्य संधी महाराष्ट्र सरकारला देण्यात आली नव्हती. जयश्री पाटील यांनी दाखल केलेली रिट याचिकेची वेळही संशयास्पद होती. तसेच महाराष्ट्र सरकारने सीबीआयची सर्वसाधारण संमतीही मागे घेतली आहे, तरीही हे प्रकरण सीबीआयकडे सोपवण्यात आलं आहे"

सिब्बल म्हणाले, "राजकीय विधाने, पत्रकार परिषद किंवा खुल्या पत्राला कोणताही आधार नाही, त्याला कायद्यात पुरावा मानलं जात नाही. कायदा हा सर्वांसाठी समान असायला हवा. पोलीस आयुक्तांनी काहीतरी म्हटलंय म्हणून त्यांचे शब्द हे पुरावे मानत संबंधिताला आरोपी ठरवता येणार नाही."

दरम्यान, यावर निर्णय देताना कोर्टानं म्हटलं की, "सार्वजनिक डोमेनमध्ये परमबीर सिंग यांनी केलेले आरोप अत्यंत गंभीर आहेत. यामध्ये दोन मोठ्या व्यक्ती आहेत एक पोलीस आयुक्त आणि दुसरा गृहमंत्री त्यामुळे या आरोपांचा मोठा परिणाम झाला आहे. परमबीर सिंग हे तुमचे शत्रू नाहीत की ते तुमच्याविरोधात आरोप करतील. पण हे आरोप एका अशा व्यक्तीनं केलेत ज्याला जवळपास तुमचा उजवा हात मानता येईल. त्यामुळे सीबीआय चौकशीसाठी हे योग्य प्रकरण नाही काय? याप्रकरणी मुंबई उच्च न्यायालयाच्या आदेशाचा आधार म्हणजे तेव्हा अनिल देशमुख गृहमंत्रीपदी होते. मात्र, आता गृहमंत्र्यांनी राजीनामा दिला असला तरी हायकोर्टाचा आदेश अयोग्य आहे असं म्हणता येणार नाही"