पांडुरंगाची महापूजा छत्रपती शिवरायांच्या काळापासून चालू झाली, असा एक समज आहे. पण, त्याविषयी ठोस पुरावा मिळालेला नाही आहे. श्रीक्षेत्र पंढरपूर हे विजापूरच्या आदिलशाहीत होते. थोरले बाजीराव पेशवे पंढरपुरी दर्शनास येऊन गेल्याचे पुरावे आहेत. पुढे पंढरपूर पेशवाईत आले, तेव्हा पेशव्यांनी या मंदिराच्या देखभालीसाठी देवस्थान समिती नेमली. दुसरे बाजीराव तर महिनाभर पंढरपुरात मुक्कामी देखील राहत असत. देवस्थान समितीचे सदस्य आषाढी वारीला पांडुरंगाची पूजा करत. (Ashadhi Ekadashi)

कालांतराने १८३९ मध्ये ही पूजा करण्याचा मान सातारच्या गादीकडे होता. नंतर पुढे इंग्रजांच्या काळात, हिंदू कलेक्टर, प्रांत, मामलेदार, सेवाज्येष्ठतेनुसार शासकीय पूजा करीत. इंग्रज सरकार पूजाअर्चेसाठी या देवस्थानाला वर्षाला दोन हजार रुपयांचे अनुदान देत होते असे सांगितले जाते. स्वातंत्र्योत्तर काळातही पहिली काही वर्षे हे शासकीय अधिकारीच पांडुरंगाची पूजा करीत.

पुढे मग संयुक्त महाराष्ट्राच्या निर्मितीनंतर राजारामबापू पाटील महसूल मंत्री असताना पूजेसाठी पंढरपुरला आले होते. त्यांनी या देवस्थानचे वार्षिक अनुदान दोन हजार रुपयांवरून २० हजार रुपये केले. तेव्हापासून महाराष्ट्रात मंत्र्यांच्या हस्ते शासकीय पूजा करण्याची प्रथा चालू झाली. १९७० मध्ये समाजवादी लोकांनी ‘निधर्मी राज्यांत सरकारने पूजाअर्चा करणे योग्य नाही’ म्हणून जनआंदोलन सुरु केले. त्याचा परिणाम असा झाला की १९७१ साली शासकीय पूजा झाली नाही. पुढे १९७२ मध्ये महाराष्ट्रात प्रचंड दुष्काळ पडला. शेतकरी मायबाप हवालदिल झाले. लोक आपली शेतीवाडी, गुरेढोरे सोडून कामधंद्यासाठी शहरांकडे येऊ लागले.

वारकरी म्हणू लागले, सरकारने पूजा बंद केली म्हणून विठ्ठल कोपला आणि महाराष्ट्रात दुष्काळ पडला. वारकरी संप्रदायाच्या शिष्टमंडळाने तत्कालीन मुख्यमंत्री वसंतराव नाईक यांना साकडे घातले. त्यांनीच ही बंद पडलेली शासकीय पूजा १९७३ पासून पुन्हा चालू केली, ती आजतागायत चालू आहे.