डॉ. दाभोलकर हत्याप्रकरणाचे धागेदोरे मिळणे पोलिसांना जिकिरीचे झाले होते. पुणे पोलिसांनी सर्व शक्यता गृहीत धरून तपास केला. मात्र, पुणे पोलिसांच्या हाती ठोस काही लागले नव्हते. दरम्यान, बंगळूरमध्ये पत्रकार गौरी लंकेश यांच्या हत्येप्रकरणात कर्नाटकातील दहशतवादविरोधी पथकाने (एटीएस) पुण्यातील चिंचवड परिसरातून अमोल काळे याला ताब्यात घेतले. काळे सनातन संस्थेशी संबंधित आहे. त्याच्याकडून नालासोपारा येथील वैभव राऊतची माहिती मिळाली. त्यानंतर पोलिसांच्या पथकाने त्याच्या घरातून शस्त्रे आणि स्फोटकांचा साठा जप्त केला. त्याच्याकडून मिळालेल्या माहितीच्या आधारे पोलिसांनी शरद कळसकरला ताब्यात घेतले. कळसकरने सचिन अंदुरेच्या मदतीने डॉ. दाभोलकर यांचा खून केल्याची कबुली दिली होती.

सरकारी वकिलांनी केलेला युक्तिवाद
डॉ. दाभोलकर यांची हत्या करून अंधश्रद्धा निर्मूलनासाठी काम करणाऱ्या कार्यकर्त्यांमध्ये दहशत निर्माण केली. या खटल्यातील प्रत्यक्षदर्शी साक्षीदारांनी आरोपींना न्यायालयात ओळखले आहे. डॉ. दाभोलकर यांचे पुत्र डॉ. हमीद दाभोलकर, ‘अंनिस’चे कार्यकर्ते प्रशांत पोतदार आणि कोल्हापूर येथील व्यावसायिक संजय साडविलकर यांच्या साक्षीतून सनातन संस्था आणि आरोपी तावडे यांच्या मनात दाभोलकरांविषयी शत्रुत्वाची आणि द्वेषाची भावना होती, हे सिद्ध झाले आहे. त्यांच्यावर गोळ्या झाडणारे आरोपी सचिन अंदुरे आणि शरद कळसकर यांना दोन प्रत्यक्षदर्शी साक्षीदारांनी छायाचित्रासह न्यायालयात ओळखले आहे. आरोपी अंदुरेने गुन्हा केल्याचा कबुली जबाब दिला आहे. दाभोलकरांवर गोळ्या झाडण्यासाठी आरोपींनी वापरलेले पिस्तूल जप्त झाले नाही. मात्र, प्रत्यक्षदर्शी साक्षीदारांनी पिस्तुलातून गोळीबार झाल्याचे सांगितले आहे. दाभोलकरांच्या मृतदेहातून दोन गोळ्या बाहेर काढण्यात आल्याचे ससून रुग्णालयाचे वैद्यकीय अधीक्षक डॉ. अजय तावरे यांनी न्यायालयात सांगितले आहे. त्यामुळे गोळीबार झाल्याचे सिद्ध होते, असे ‘सीबीआय’चे वकील ॲड. प्रकाश सूर्यवंशी यांनी युक्तिवादात नमूद केले होते.

बचाव पक्षाच्‍या युक्तिवादातील महत्त्वाचे मुद्दे
गुन्ह्याचा तपास करताना आरोपींची झालेली ओळख परेड कायद्याला धरून नव्हती. गोळीबार करणाऱ्या हल्लेखोरांनी पिस्तुलातून पाठीमागून गोळ्या झाडल्या असतील, तर एक गोळी भुवईतून घुसून डोक्याच्या मागे कशी गेली, याचे स्पष्टीकरण केंद्रीय गुन्हे अन्वेषण विभागाने (सीबीआय) दिलेले नाही. तसेच ‘सीबीआय’ने महत्त्वाचे पोलिस अधिकारी तपासलेले नाहीत. तपास करताना ‘सीबीआय’ने घटनास्थळापासून जवळ असलेल्या कॉसमॉस बँकेजवळचे सीसीटीव्ही फुटेज तपासलेले नाही. गुन्हा सिद्ध करण्यासाठी खोट्या पद्धतीने पुरावे बनविण्यात आले आहेत, असा युक्तिवाद बचाव पक्षाकडून करण्यात आला होता. तर ‘सीबीआय’ने आमच्या विरोधात जे पुरावे सादर केले आहेत ते खोटे आहेत, असा दावा आरोपींनी केला होता.